از قابلیت‌های بسیار جالب و کمکی در زمان مطالعه مقاله‌ها و کتاب‌ها یادداشت برداری است. یادداشت برداری در حالت سنتی مطالعه با یک مداد و یا با ماژیک‌های رنگی برای مشخص کردن قسمتی، یا تحلیل پژوهشگر از متن اتفاق می‌افتد. در حالت الکترونیک خواندن مقالات، ابزارهای الکترونیک نیز به کمک می‌آیند. یادداشت‌ها در کنار اطلاعات مقاله در مراجعات بعدی بسیار مفید هستند و برای نوشتن مقاله کار را بسیار ساده می‌کنند.
در نرم‌افزار پژوهیار، در مشخصات هر آیتم، برگه‌ای به نام یادداشت وجود دارد، که با استفاده از آن می‌توان اطلاعات مورد نظر را در کنار اطلاعات کتابشناختی نگهداری کرد و در صورت لزوم به آن‌ها استناد داد. این بخش با دکمه افزودن اجازه می‌دهد که بیش از یک یادداشت به هر آیتم اضافه کنید.
در قسمت یادداشت هیچ محدودیتی از نظر تعداد کاراکتر موجود نیست و می‌توانید به‌راحتی مطالب خود را در این قسمت تایپ کنید. همچنین یک ابزار ساده‌ای برای نگارش راحت شامل انتخاب فونت، سایز، رنگی کردن، ایتالیک کردن و بولد کردن نوشتار در اختیار شما قرار می‌گیرد. یادداشت‌ها را می‌توانید به صورت مستقل و وابسته به کار برید.
برای آشنایی هر چه بیشتر در مورد امکان یادداشت برداری فیلم آموزش یادداشت‌برداری را ببینید:
چگونه در پژوهیار یادداشت وارد کنید+ ویدئو